Beş yıl süren işgal döneminde Fenerbahçe, diğer Türk kulüpleri gibi işgalci kuvvetlerin oluşturduğu futbol takımlarıyla 50 maç yapmış; bunlardan 41’ini kazanmış, 4 beraberlik ve 5 yenilgi almıştır. Kulübün bu başarısı; işgal altında inleyen İstanbul halkı ve savaştaki askerlerimiz üzerinde çok olumlu bir etki yaratmıştır. 

Kulübümüzün o zamanlar Kuşdili’nde olan lokali; denize açılan bir dere ağzında bulunmasından dolayı Milli Mücadele döneminde Anadolu’ya erzak, silah ve cephane yollanan merkezlerden biri haline gelmiştir. Bu durum, işgal güçleri tarafından fark edilmiş ve lokal basılarak kulüp kapatılmıştır.

5 Haziran'ı 6 Haziran 1932'ye bağlayan gece Fenerbahçe'nin ahşap lokalinde yangın çıkmış, tüm bina, içindeki tarihi önem taşıyan fotoğraflar, spor branşlarına ait malzemeler, evraklar, kütüphane ve mobilyalarla birlikte tamamen yanmıştır. 
Yangın sonrasında gazeteler yardım kampanyaları açmış, Cumhuriyet Gazetesi her gün bağış yapanları adları ile yayınlamıştır. 
10-12 günde yapılan toplam bağış miktarı 791 Lira iken Atatürk kendi maaşından 500 Lira göndermiş ve bağışlar bir anda 1300 Liraya çıkmıştır.

Aziz Atatürk 57 yıllık yaşamında ilk kez bir spor kulübünün balosuna katılmıştır. O da Fenerbahçe’nin yaz balosudur.
1960’lı yıllara değin Kalamış’ta, ünlü Belvü Oteli ve gazinosu vardı. 
Fenerbahçe burada üye ve mensuplarına balolar düzenlerdi. 
1927 yılındaki yaz balosunu, o sıralar İstanbul’da olan Atatürk yine koyu Fenerbahçeli 3. Kolordu Komutanı Şükrü Naili Gökberk Paşa ile birlikte onurlandırmış, bu baloda Fenerbahçelilerle geç vakitlere kadar sohbet etmiştir. 
Fenerbahçelilerin bu yaz balosu, 57 yıllık o kısacık ömründe Atatürk’ün gittiği tek spor kulübü balosudur.
 

1928 yılı Haziran”ında bir akşam, Aziz Atatürk, Şükrü Saraçoğlu, Necmeddin Sadak, Ruşen Eşref Ünaydın, Mustafa Necati, Kazım Özalp (Fenerbahçe’ye üye olmadan önce), Kılıç Ali ve gazeteci İsmail Müştak, Dolmabahçe Sarayı”nda spor üzerine sohbettedirler. Atatürk bir ara  Şükrü Saraçoğlu’na dönüp, "Bak onlar 6  kişi. Fenerbahçeli olarak burada bir sen, bir de ben varız. Bunlar 6-2 bize üstünler. Aman ayağımızı denk alalım!..” der.

(Bu anekdot sonraki yıllarda Kulübümüze Başkan olan Şükrü Saraçoğlu tarafından nakledilmiştir.

Yine Şükrü Saraçoğlu’nun anlattığına göre, şöyle bir olay da yaşanmıştır: 
“1928 yılının Ağustos ayında Galatasaray ile kazananın Ata’nın bir büstünü müzesine götüreceği özel bir maç yapıyorduk (Gazi Büstü Kupası). Bu maç Taksim Stadı’nda 10 Ağustos günü oynandı. Atatürk o sıralar İstanbul’da idi. Gündüz Büyükdere’de bir milletvekili arkadaşının yazlığına konuk olan Atatürk, akşamüstü Dolmabahçe Sarayı’na geri dönmüştü. Henüz akşam sofrasına geçilmemişti. Atatürk sohbette sözü o günkü maça getirerek, Akşam Gazetesi Sahibi, Sivas Milletvekili ve Galatasaray Kulübü Başkanı Necmettin Sadak’a sordu: "Bugünkü maç ne oldu?" Sadak’tan önce yine bir Galatasaraylı olan Milli Eğitim Bakanı Mustafa Necati yanıt vermek istedi. Gazi, ona; "Sen dur, sana sormadım." dedi. Bunun üzerine Necmeddin Sadak "3 - 3 berabere bitti Paşam" diye yanıt verince Atatürk, Sabri Toprak ve Vasıf Çınar Beylerden oluşan iki Fenerbahçeli konuğuna doğru; "Ya öyle mi, zaten burada da 3-3 berabereyiz!.." dedi. Çünkü Necmettin Sadak, Mustafa Necati’den başka orada bulunan Ruşen Eşref Ünaydın da Galatasaraylı idi.. Hemen arkasından da merakla kendisine bakan karşısındaki Galatasaraylılara “Anlamadınız mı!” dercesine bir nazar atfederek şu tarihi cümleyi söyledi: "Ben de Fenerbahçeliyim!.."

Ulu Önderimiz Atatürk, büstlerinin ve heykellerinin bulunduğu yerler konusunda çok hassastı. Gösterişli törenlerle yurdun dört bir yanını büstler ve heykellerle donatmak, belli ki o eşsiz kahramana ters geliyordu. Hayatı boyunca bu tip davranışları özendirmemiş, uygun bulmamıştı. Ona göre fikirleri özümsenmeli ve devrimlerinin bekçisi olunmalıydı. Ancak bu konudaki ayrıcalıklardan birini Fenerbahçeliler yaşadı. 

Yöneticilerimizin 1 Haziran 1934 günü stadyumumuza ant içerek bir büstünü koymak için istediği izni, bizzat Atatürk kabul etti ve olur verdi. Böylelikle Fenerbahçemizin stadı, Atatürk’ün büstünün konmasına izin verdiği tek stadyum olma özelliği ve onurunu hala taşımaktadır.

Savaştan, işgalden, yokluktan çıkarıp, imparatorluğun küllerinden bağımsız, yepyeni, çağdaş bir ülke yaratan Gazi Mustafa Kemal Atatürk hepimizin ortak değeridir. Bu eşsiz insanın Fenerbahçe Spor Kulübü’ne gösterdiği sevgi ve özel ilgiyi, yani Kulübümüzün taraftarı olmasını kimse yadırgamamalı ve kıskanmamalı. 

Sonuçta Atatürk’ün de herkes gibi duyguları, tutkuları, sevgileri olmasından doğal ne olabilir? 

O büyük insan, kendini halkından soyutlamamış, dört duvar arasına hapsetmemiş, hayatı boyunca halktan biri gibi davranmış ve yaşamış bir önderdi.

Tüm bunlar onun Türk gençliğini, Türk sporcularını çok sevdiğini gösteriyor. 
Zaten Türkiye Cumhuriyetini gençlere emanet edişinden de, bu özel sevgi ve güven anlaşılabilir.